Le intolleranze alimentari riscontrate nella valutazione possono essere la causa o la conseguenza dei disturbi della persona.

Le principali sono: i latticini (caseina, lattoso), il glutine, le solanacee (pomodori, patate, peperoni, melanzane), le xantine (caffè, tè, cacao), la frutta secca, il lievito e lo zucchero.

Nel caso fossero la causa dei disturbi, l'unico modo per risolverle è l'astensione totale dall'alimento per un determinato periodo. Inoltre viene preparata un'acqua frequenziata con l'intolleranza riscontrata (da assumere durante il periodo di astensione), in questo modo vengono rimossi i residui dall'organismo. Infine si torna ad assumere l'alimento poco alla volta monitorando la situazione. 

Nel caso fossero invece le conseguenze, si lavora sui disturbi riscontrati (parassiti, protozoi, candida ecc..). Viene sempre fatto un periodo di astensione dall'alimento/ti (non totale in questo caso) e a fine trattamento si effettua il controllo, se la situazione è stata risolta, si torna ad assumere l'alimento gradualmente.