Le intolleranze alimentari riscontrate nella valutazione possono essere la causa o una conseguenza dei disturbi della persona.

Le principali sono: i latticini (caseina, lattoso), il glutine, le solanacee (pomodori, patate, peperoni, melanzane), le xantine (caffè, tè, cacao), la frutta secca, il lievito e lo zucchero.

Nel caso fossero la causa dei disturbi, l'unico modo per risolverle è l'astensione totale dall'alimento per un determinato periodo. Viene inoltre preparata un'acqua frequenziata con l'intolleranza riscontrata (da assumere durante il periodo di astensione), in questo modo vengono rimossi i residui dell'alimento dall'organismo.

Nel caso fossero invece le conseguenze, si lavora sui disturbi riscontrati (parassiti, protozoi, candida ecc..). Viene sempre fatto un periodo di astensione dall'alimento/ti (non totale in questo caso) e a fine trattamento si effettua il controllo, se la situazione è stata risolta, si torna ad assumere l'alimento gradualmente.